臺南的菜寮溪，與後堀溪、官田溪同為曾文溪主要支流。菜寮溪發源於標高798公尺的刣牛湖山，流經臺南市左鎮區，於山上區東北方匯入曾文溪主流，流路長39.5公里，流域面積133平方公里。 菜寮溪是臺灣史前研究的化石重要出土地點之一，一般多指位於左鎮區、舊稱一重溪之地區。因著特殊的地層構造，以致豪雨沖刷後河床上便散落著原位於各地層中的古生物化石。其流域出露的地層主要為更新世為主的崎頂層，內有大量及密集的貝類化石、有孔蟲化石；而左鎮人、犀牛及大型哺乳類脊椎動物化石則可能是源自段丘礫石層。