距今約6千多年前，另一批東亞大陸東南沿海的居民渡海來臺。這群人已發展出農耕、豢養動物的工具及技術，因而稱作新石器時代；當舊石器時代人群遭遇這批新移民後，一部分融入其中，一部分則迅速消逝了。根據調查，新石器時代遺址遍佈臺灣各地，包括海岸平原、丘陵，甚至山地。推測農耕帶來穩定食糧，導致人口成長，活動範圍擴張；島內複雜多變的地形，再加上海島的開放特性利於不同人群往來，此時的臺灣，文化及族群在各地域呈現高度多樣性。