今から約6000年前、東アジア大陸東南部の沿岸地域から別のグループの人々が海を越えて台湾に渡来しました。これらの人々は農耕や牧畜の道具や技術を持っていたことから、この時代を新石器時代と呼んでいます。旧石器時代の人々がこれらの新しい移民に出会うと、すぐ馴染んだグループがいる一方で、あっという間に姿を消したグループもいました。ある調査では、新石器時代の遺跡は、海岸や平原、丘陵、山地に至るまで台湾各地に点在しているということです。農耕導入により食糧供給が安定し、人口増加とともに活動範囲も広がっていったようです。島内の複雑に入り組んだ地形と海に囲まれているという開放的な特性から様々なグループの往来が活発になりました。この頃の台湾は、文化もエスニックグループも各地で高い多様性を呈していたと見られています。